国土地理院が１９９９年１１月に公表した「測地成果２０００導入に伴う座標変換マニュアル（案）」によれば、次のような場合に「ＴＫＹ２ＪＧＤ」の使用について適用除外の対象になっています。（第３条運用基準）

① 公共基準点設置時に使われた国家基準点が、その後精密測地網二次基準点測量等による成果改定が行われた地域。
② 精密測地網二次基準点測量等による成果改定が行われた地域と成果未改定地域の境界地域。
③ フリーネット解法により設置された公共基準点等。

①の場合　　　　　　　　　②の場合

日本全国に約３３０００点の三等三角点が設置されていますが、精密測地網二次基準点測量として改測された点は約３３００点です。例えば川崎市の場合、平成２年に国家基準点が改定されています。「ＴＫＹ２ＪＧＤ」は平成２年に設置された国家基準点座標を基につくられていますので、それ以前に設置された地籍測量の図根点には「ＴＫＹ２ＪＧＤ」は適用できません。地域によっては、明治の測量、地震後の改測、二次基準点測量などが入り乱れています。
現在こうした情報は整理されたものとして公開されていませんが、近々国土地理院によって整理されたものが公開されるものと思われます。
なお、国家基準点の整合性がよくない地域において、国家基準点座標成果を固定しないで、フリーにして処理したものが「フリーネット解法」です。この方法は、昭和５２年国土地理院により、公共測量の処理として公認されたものです。